Para los que vieron el final "The Truth", efectivamente estabamos jugando con el médico de MGS GZ el cual se hizo pasar por Big Boss a pedido del mismo. Esto ya que que el original se marcha a planificar la creación del verdadero Outer Heaven, la historia luego será conocida en MGS 1 para PSX.
BIG BOSS PHANTOM = AHAB
BIG BOSS = ISHMAEL aka El wn con las vendas en el hospital
"Estás hablando contigo mismo. Yo soy tú, y llevo cuidando de ti 9 años". - Ishmael
Hay ciertos indicios en el juego de que esto estaba pasando, la primera que recuerdo es el exámen de ADN que el "Big Boss Phantom" se hace con Liquid, donde los resultados arrojan que no son Padre-Hijo. Efectivamente esto es cierto ya que no es el ADN del Big Boss original al cual Zero lo incluyo sin su conocimiento al proyecto "Les Enfant Terribles"
También cuando Ocelot interroga a Eli - sabiendo que Ocelot es el único miembro de Diamond Dogs que inicialmente sabe la verdadera identidad de Big Boss - le dice a este "tu padre no está aquí"
----> Agregado por Meisuke:
De hecho se podria saber antes que big boss phantom no es na big boss ya que cuando vay a sacar a huey te topas con la IA que tiene la personalidad de the boss y te dice que tu no eres snake.
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Había otro indicio también, a Big Boss Phantom lo mencionan como Venom Snake o Punished Snake, recordemos que al original lo mencionaban como "Naked Snake" en el MGS3.
Otra es cuando el "Tercer Niño" mejor conocido como Mantis se estrella en el avión 1 semana antes de que BB Phantom despierte, es decir, justo cuando Big Boss despierta.
Es por lo anterior que técnicamente en la historia y universo de Metal Gear Solid, Big Boss muere 2 veces.
Una de las mejores partes y que me trajo recuerdos de la saga fue el siguiente dialogo entre Ocelot y Miller, en él Miller se entera de Big Boss Phantom y los planes del verdadero, momento donde le da la weá y manda la chucha a big boss comentando que ayudará a Phantom. Ocelot le comenta que en algún momento sólo quedará un big boss, dado que sólo hay espacio para uno y que sus hijos estaban destinados a luchar entre sí, momento en el cual, Ocelot y Miller deberán escoger bandos mientras de momento co-existen el uno al otro, desenlace que ocurre en MSG1.