Lo mejor es dejar una particion primaria de no mas de 50GB en el disco mecanico, eso es para asegurarte que esa particion quede lo mas cercano al centro del disco, por lo que los tiempos de acceso son mas rapidos de los que quedan del centro hacia afuera, se entiende creo, tambien es mas facil para desfragmentar.
Pero en todo caso dependera para que lo usaras, si es solo almacenaje puedes dejarlo sin particiones.
El formato entiendo que se aplica el mismo procedimiento, yo solamente lo he usado para el SSD, pero la idea es de que quede sin esos 100MB para el sistema, en mi caso les di formato con el Acronis Disk Director Suite, el cual les asigno 2048K de tamao.
Cuando tengas tu disco postea unas imegenes de los bench
Salu2 y exito!