Yo creo que siempre va a ser mejor estudiar en la puc/uchile, y agregaria al saco la utfsm/usach en la categoria de universidades con ingenierias "duras", donde entra el ~10% de los mejores puntajes.
Mas alla de que los ramos coladores significativamente mas dificiles, estos te van a ayudar a ser mas metodico, analitico, resiliente, y a manejar niveles de abstraccion/complejidad muucho mas profundos que el resto.
Ahora bien, las pegas de "ingenieria" en chile, poco tienen de "crear" cosas y resolver problemas, la mayoria son implementaciones de soluciones creadas en otros lados y adaptadas a la industria local (retail, banca, mineria son los sectores grandes) o desarrollos chicos/medianos.
La mayoria parte su carrera como analista/desarrollador junior, y pasa a ser jefe de proyecto y gerente de TI, que es donde estan los mejores sueldos. Este camino poco tiene que ver con desarrollo de software y lo que uno aprende como matematicas/ciencias de la computacion, es mas administracion de presupuesto y liderazgo de equipos, mucho excel/ppt y cartas gantt, entras mas a competir con ingenieros industriales, y comerciales y gente con MBA, sin tanto conocimiento tecnico pero con mas habilidades blandas.
Lo que si, todos los años gente de estas universidades entra a trabajar a amazon, google, uber, netflix, SAP, microsoft, etc. Las pruebas de conocimientos tecnicos para entrar a estas pegas son muy duros, y el ingles fluido es basico. Ahi el background en programacion, ciencias de la computacion/matematicas sirve de mucho y hace la diferencia, los sueldos son mucho mayores como senior/principal software engineer afuera que el sueldo mas alto de gerente TI que puedas llegar a tener trabajando en las mejores pegas acá en chile, teniendo MBA y toda la cacha.
Otro punto a favor de las ingenierias duras en una tradicional, es hacer un phd afuera, si lo tuyo son las ciencias duras, y quieres ir al MIT, caltech, harvard, hacer una pasantia en el CERN, o el ALMA, las cartas de recomendacion de estas universidades te ayudan mucho en la entrada (ya que practicamente todos los profes son ex-alumnos de universidades top a nivel mundial y mantienen vinculos de investigacion).