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En OSX uso Vista Previa, es excelente para lo que yo necesito, pues permite reordenar paginas en los PDF y generar PDF a partir de imagenes JPG.
No tiene para hacer anotaciones, pero eso no lo necesito en el Mac, ya que normalmente para leer y estudiar libros en PDF lo hago en el iPad usando la App GoodReader, la cual si tiene para hacer anotaciones.
Me equivoqué .. la vista previa de OSX si puede anotar PDF, no me habia dado cuenta porque la mayoria de mis libros son escaneos (que no pueden anotarse) ... acá hay un resumen en inglés con la forma de manejar PDFs en Mac sin hacer uso de software adicional: