yo tb tengo ese problema, pero no he actualizado a el capitan, toi corriendo 10.10.5 (14F27)... Entre ayer y hoy me pasó dos veces, antes de eso no.
Lo que me preocupa si es esto:
http://apple.stackexchange.com/questions/193368/what-is-the-rootless-feature-in-el-capitan-really
root ahora ya no tiene todos los permisos, con lo cual toi medio jodido ya que el tercer monitor se carga a través de una extensión del kernel que no debe de estar firmada, así que actualizar por el momento está descartado. Además tengo 20.000 cosas instaladas en /bin/ y /usr/bin/ (reemplacé entre ellas por ejemplo PHP) para mantener la equivalencia entre UNIX y MacOS, aprovechando obviamente los recursos propios del sistema.
No me gusta nadita el rumbo que está tomando Apple con esto ¬¬ Antes sabía que tenía toda la libertad de un UNIX pero con un entorno gráfico decente, ahora se están empezando a llenar de restricciones y ya no tengo el control total de mi OS. Te creo para un teléfono, pero un PC no, yo decido qué instalo y si decido infectarme con un malware pq quiero, se me debería dar la posibilidad. Si la cago, siempre estará timemachine, pero esto de tratar a todos los usuarios como tontitos no me gustó.
Si bien es cierto se puede pseudo-deshabilitar esta nueva cosa, creo que llegará la hora de migrar nuevamente a Linux. Lástima ya que se integra bastante bien a todas mis actividades, pero bueno, mientras pueda seguir trabajando con Yosemite lo haré.
Saludos.
PD: Lo cual me recuerda, hace poco mi MBP andaba como río de caca, la única solución fue borrar directamente algunas cosas desde /System, lo cual ahora ya no se podrá :S