Siempre hay archivos en uso, es imposible desfragmentar algo desde el SO a un 100%.
Pero depende de los datos, si son de alta demanda o fijos. De la fragmentacion que estos tengan.
Lo que mas hace trabajar al disco es tenerlo siempre lleno, lo ideal que tenga un poco de espacio libre para que pueda trabajar bien.
Y si te preocupa la vida util, existe el HDD Sentinel, gratis, que lee el status del disco duro, y te dice si esta con o propenso a errores.